Pregled cijelog exome sekvenciranja (WES)

Sekvenciranje cijelog exomea (WES) molekularni je genetski proces koji se može koristiti za identificiranje izmjena u genima. Ova je metoda relativno nova, a kako se tehnologija brzo razvija, očekuje se daljnje istraživanje i otkrivanje praktičnijih kliničkih svrha.

Genetsko testiranje postaje vrlo popularno - možete kupiti proizvode koji koriste uzorke vaše kose ili sline kako biste odredili određene genetske osobine i naučili koje su etničke pripadnosti dio vašeg pretka.

WES se malo razlikuje od ove vrste genetskog ispitivanja jer se koristi za utvrđivanje abnormalnosti usvivaših gena, čak i ako te abnormalnosti prethodno nisu bile povezane s bilo kojom bolešću. Primjerice, nije pravi test za traženje određene abnormalnosti gena, poput gena identificiranih u vezi s rakom dojke.

Kako rade geni

WES se može koristiti za traženje obrazaca za pronalaženje genetskog uzroka medicinske bolesti. Vaši kromosomi su molekule koje sadrže vaš genetski kod. (Imate 23 para kromosoma - oni se nazivaju i molekulama DNA.) Sastoje se od dugih niti molekula nukleotida. Vaše tijelo čita redoslijed nukleotida na vašim kromosomima kako bi stvorilo proteine.

Promjene nukleotidne sekvence u molekulama DNA objašnjavaju razlike u svojstvima svih nas.

Promjene koje uzrokuju bolest često se nazivaju mutacijama.

Pomaže razumjeti neke osnove genetike ako razmišljate o korištenju WES-a.

Geni i genomi

Sve osobine vašeg tijela nastaju stvaranjem proteina. Geni su nukleotidne sekvence koje kodiraju proteine ​​koji na kraju proizvode vaše osobine. Sva genetska kodiranja svih vaših 46 kromosoma nazivaju se vašim genomom.

Egzoni

Nukleotidni dijelovi molekule DNA koji kodiraju gene zovu se egzoni. Oni su prošarani intronima, koji su nukleotidne sekvence kojenemojte kodirati osobine. Jedan gen može se sastojati od nekoliko egzona koji kodiraju višestruke proteine. Eksoni čine samo 1 do 2 posto vaše ukupne DNA.

Svaki egzon zapravo započinje nukleotidnom sekvencom koja potiče proizvodnju proteina i završava nukleotidnom sekvencom koja potiče prekid proizvodnje proteina.

Exome

Svi egzoni u cijelom vašem skupu kromosoma nazivaju se egzomom. Sekvenciranje cijelog genoma promatra cijeli vaš exome kako bi se utvrdile abnormalnosti koje bi mogle biti odgovorne za bolest ili zdravstveni problem.

Ograničenja

WES je prilično opsežan i ispituje sve gene u vašem tijelu. Međutim, uopće ne ispituje introne. Vjeruje se da introni mogu imati određeni učinak na vaše tijelo, iako taj učinak nije u potpunosti shvaćen i trenutno se ne smatra toliko utjecajnim kao utjecaj eksona.

Postupak

WES koristi uzorak krvi za analizu vaših genoma. Svaka stanica u vašem tijelu sadrži punu kopiju svih 46 vaših kromosoma, tako da su krvne stanice prikladne za ovu vrstu testa.

WES testiranje koristi molekularnu tehniku ​​koja se naziva hibridizacija, koja uspoređuje nukleotidnu sekvencu uzorkovane DNA sa standardnom ili "normalnom" DNA sekvencom.

WES može primijetiti mutacije za koje je već poznato da uzrokuju bolest, a također može otkriti promjene u genetskom kodu koje već nisu povezane s bolešću.

Gdje se testirati

Postoje mnogi laboratoriji koji vode cijelo sekvenciranje exomea. Ako vaš liječnik želi da napravite cijelu sekvencu exomea, možda ćete krv uzeti u ordinaciji, a uzorak možete poslati u specijalizirani laboratorij radi tumačenja.

Ako test dobivate bez naloga liječnika, možete kontaktirati specijalizirani laboratorij koji izravno vrši WES testiranje i zatražiti od njih upute.

Trošak

Važno je provjeriti troškove testiranja, kao i provjeriti hoće li vaše zdravstveno osiguranje pokriti troškove testa. WES je relativno nova vrsta tehnologije i vaše osiguravajuće društvo može ili ne mora pokriti troškove, ovisno o svojim politikama.

Ako planirate sami platiti test, trošak se može kretati između 400 i 1500 USD.

Razmatranja

Ako ćete vi ili vaše dijete imati cijelu genomsku sekvencu, morate biti svjesni posljedica. Prije podvrgavanja WES-u treba razmotriti razne stvari.

Privatnost

Vaši genetski rezultati mogu postati dijelom vašeg zdravstvenog kartona, posebno ako vam liječnik naruči test i ako ga vaše zdravstveno osiguranje plaća. Vaše zdravstveno osiguranje, tvrtka koja provodi test i potencijalno bilo koji od njihovih dobavljača (ili bilo tko tko upadne u njihove računalne sustave) mogli bi naučiti nosite li gene za neko poznato genetsko svojstvo.

S obzirom na to da se radi o genetskim testovima, postoje implikacije koje bi mogle utjecati i na ljude koji su vam povezani. Iako postoje zakoni koji štite vašu privatnost i propisi koji sprečavaju da postojeći uvjeti utječu na vašu zdravstvenu zaštitu, ova razina informacija je bez presedana. Mogu postojati nepredviđeni osobni i profesionalni ishodi u pogledu privatnosti.

Svijest o osjetljivosti na bolest

Mnogi se brinu da će genomsko testiranje otkriti više o njihovom zdravlju nego što su se u početku cjenkali. Osim u iznimno rijetkim slučajevima - poput Huntingtonove bolesti - genetsko testiranje ne otkriva čovjekovu medicinsku budućnost.

U većini slučajeva može otkriti da osoba ima povećani rizik od različitih medicinskih poremećaja. Budući da je osoba tako temeljito testirana, može se otkriti nekoliko abnormalnosti. Međutim, mnogi nikada neće dovesti do određene bolesti ili stanja.

U ovoj fazi otkrića vjerojatno je da nitko niti ne bi mogao razabrati koje su točne medicinske implikacije za čovjekovu budućnost ili koje će "abnormalnosti" dovesti do određene bolesti ili stanja, na primjer.

Odlučivanje o testu

Postoji nekoliko sličnih genetskih testova koji vaše kromosome procjenjuju drugačije od WES-a, a postoje i prednosti i nedostaci svake različite vrste testova.

Kromosomska analiza

Kromosomska analiza je također opisana kao kariotipizacija. Ovim se testom mogu analizirati svi vaši kromosomi kako bi se utvrdilo postoje li promjene, poput dodatne kopije kromosoma ili kromosoma koji nedostaje.

Kromosomsko testiranje također može otkriti značajne promjene u strukturi kromosoma, poput izduženih ili kratkih kromosoma.

Kariotipizacija može identificirati stanja poput Downovog sindroma, u kojem postoji dodatna kopija 21. kromosoma. Međutim, ne može otkriti male mutacije u genu.

Cijela genomska sekvenca

Čitav genomski slijed sličan je sekvenciranju cijelog exoma, osim što je opsežniji. Gleda se na čitav genom, uključujući intronske sekvence. Cijelo genomsko sekvenciranje skuplje je i od cijelog exome sekvenciranja.

Molekularno genetička ispitivanja

Također opisana kao genetsko testiranje mikro-nizova, ove studije uspoređuju mali dio vaše DNA s poznatim genima ili s odabranom sekvencom DNA kako bi se pronašle promjene ili poznate mutacije u određenom području na kromosomu.

Ovi su testovi korisni ako imate simptome stanja uzrokovanog mutacijom na poznatom mjestu kromosoma, poput gena za Huntingtonovu bolest i nekih gena za rak dojke.

Riječ iz vrlo dobrog

WES je još uvijek relativno nova metoda genetskog ispitivanja i još nije potpuno jasno kako se najbolje može primijeniti u praktičnoj upotrebi.

Postoje li ozbiljni problemi koje treba razmotriti imate li vi ili voljena osoba genetski test. Ako je liječenje sumnje na genetsko stanje prilagođeno genetskom nedostatku, testom ćete potencijalno puno dobiti. Čak i ako test neće utjecati na vaše liječenje, rezultati mogu biti korisni za razumijevanje vaše prognoze i davanje do znanja članovima obitelji da mogu biti u opasnosti. Svakako pažljivo razmislite kako ćete reagirati na normalne ili abnormalne rezultate i pažljivo razmotrite svoju privatnost prije testiranja.